توليد و تكثير بذور اليت پنبه براي اولين بار در سالهاي 1304در مزارع اطراف ورامين (منطقه فيلستان كنوني) تحت نظارت سازمان خواربار جهاني آغاز شد ، از سال 1313 به بعد ایستگاه نهال و بذر تحت نظارت فائو و سپس در قالب بخش تحقیقات پنبه و گیاهان لیفی وابسته به موسسه نهال وبذر به کار خود ادامه داد . از سال 1375 در قالب معاونت موسسه تحقیقات پنبه کشور برای مناطق خشک ونیمه خشک و از سال 1388 با تجمیع و کوچک سازی مدیریت ها و شرح وظایف قبلی در قالب بخش تحقیقات پنبه و گیاهان لیفی (مناطق خشک و نیمه خشک) و کمک به موسسه تحقیقات پنبه و استان های هم اقلیم فعالیت می نماید . بخش در سه محور به نژادی ، به زراعی و گیاهپزشکی به اجرای طرح های تحقیقاتی می پردازد.
- حفظ ژرم پلاسم بیش از 300 ژنوتیپ پنبه و ازدياد 60 رقم کنف.
- تولید و تکثیر ارقام الیاف بلند مناسب کشت برای جنوب کشور.
- تولید ارقام زودرس .
- تولید ارقام مناسب برای کشت در مناطق شور.
- اصلاح و بهبود کیفیت و کمیت ارقام بومی ایران.
- استفاده از ژرم پلاسم های خارجی برای ارتقاء کیفیت و عملکرد ارقام تجاری.
- استفاده از نژادهای وحشی پنبه برای بهبود صفات پنبه.
- انتقال نرعقیمی به ارقام پنبه.
- تولید بذر هیبرید پنبه.
- احیا و تکثیر هر ساله لاين های برتر ارقام تجاری موجود در کشور.
- احیاء و نگهداری ژرم پلاسم های پنبه و کنف موجود در ایران.
- تهیه نقشه مولکولی و شناسنامه ارقام موجود پنبه.
- استفاده از تکنیک کشت بافت برای اصلاح ارقام پنبه.
- بررسی و معرفی ارقام دو منظوره کتان ( روغنی ولیفی) لیفی گیاهان تولید.
- تولید ارقام مناسب برداشت ماشینی.
- تولید ارقام متحمل به خشکی.
- تولید و تکثیر سایر گیاهان لیفی ( کتان، ژوت و غیره).
محور های تحقیقاتی به زراعی
- استفاده از آبیاری با فاضلاب شهری در زراعت پنبه.
- الگوی کاشت مناسب برای ارقام زود رس و ماشینی.
- کشت گلدانی در مناطق شور، کم آب ، كشت دوم.
- استفاده از آبیاری بارانی و قطره ای در زراعت پنبه.
- اعمال مدیریت های زراعی مناسب برای برداشت ماشینی.
- مدیریت استفاده از ریز مغذی ها در پنبه.
- توسعه کشت پنبه در مناطق شور و حاشیه کویر.
- کشت مستقیم پنبه بعد از برداشت گندم و جو. ( کشاورزی حفاظتی)
- توليد بذر نوکلئوس و سوپر اليت رقم ورامين
- تولید بذر ارقام کنف