وجود بیش از 1600هکتار از گلخانه های سبزی و صیفی کشور و همچنین وجود 800 هکتار از مراکز تولیدی گل و گیاه کشور در محدوده استان تهران از طرفی با توجه به ضرورت انتقال قسمتی از کشت های فضای باز استان به کشت گلخانه ای جهت افزایش بهرهوری آب سبب گردید که این بخش تحقیقاتی در تشکیلات مرکز در نظر گرفته شود تا پاسخگوی نیاز پژوهشی  و آموزشی بهره برداران استان باشد. پرسنل مجرب و متخصص در زمینه های مختلف و از طرفی وجود زیرساخت های مناسب برای تحقیقات گلخانه ای حاکی از پتانسیل بالای این مرکز برای هدایت این بخش نو پا خواهد بود. با توجه به این مهم بخش تحقیقات کشت های گلخانه ای در سال 1394 تاسیس گردید تا این اهداف را پیگیری نماید:

افزایش سطح گلخانه ها و تلاش در جهت انتقال محصولات فضای باز به داخل گلخانه با هدف کاهش مصرف آب و تولید در تمام سال،  ایجاد تنوع محصولات گلخانه ای با هدف تمرکز زدایی از خیار و گوجه،  شناخت و توسعه روشهای نوین تولید و عرضه محصولات گلخانه ای،  کنترل آفات، بیماریهای و علفهای هرز کشت های گلخانه ای با شیوه های نوین و منطبق بر مسایل زیست محیطی،  معرفی ارقام جدید گیاهان قابل کشت در محیط بسته،  تعیین نیازهای تغذیه و اکولوژیکی انواع محصولات گلخانه ای،  ساماندهی تولید نشا و تامین و تکثیر ژرم پلاسم ارقام جدید و اصلاح شده،  آموزش، ترویج و ارائه یافته های تحقیقاتی و خدمات علمی .